Jedinica za budžetsku inspekciju obavlja budžetski nadzor u kojem se provodi inspekcijska kontrola zakonitosti, pravovremenosti i namjenskog korištenja budžetskih sredstava, te nalažu mjere za otklanjanje utvrđenih nezakonitosti i nepravilnosti na način da: utvrđuje da li se budžetska sredstva koriste zakonito, namjenski i blagovremeno; poduzima korektivne mjere radi zaustavljanja nepravilnosti i prevara kao što su zloupotreba budžetskih sredstava, pogrešno planiranje i upravljanje sredstvima; poduzima mjere za sprečavanje nastanka štetnih posljedica u budžetu kao i mjere za otklanjanje štete nanesene budžetu; provjerava pravilnosti postupanja budžetskih korisnika u primjeni zakona i drugih na zakonu donesenih propisa i akata, odnosno provjerava korištenja budžetskih sredstava u visini, za namjene i u vrijeme kako je to propisano budžetom Federacije BiH; prikuplja pouzdane i vjerodostojne finansijske i druge podatke, te ih pravovremeno dostavlja nadležnim organima.