Centralna harmonizacijska jedinica vrši poslove koji se odnose na izradu prednacrta i nacrta zakona i prijedloga podzakonskih propisa iz oblasti interne revizije; izradu prednacrta i nacrta zakona i prijedloga podzakonskih propisa iz oblasti finansijskog upravljanja i kontrole; pripremu metodologija i uputstava u oblasti interne revizije i finansijskog upravljanja i kontrole; izradu strategije razvoja javnih internih finansijskih kontrola (PIFC); izradu planova i programa certifikacije, kao i pripremu i provođenje programa obuke i certificiranja internih revizora u javnom sektoru u Federaciji; planiranje i provođenje edukacija u oblasti interne revizije i finansijskog upravljanja i kontrole; izradu planova i programa provjere kvalitete interne revizije i finansijskog upravljanja i kontrole; provjeru kvalitete rada interne revizije i finansijskog upravljanja i kontrole sa ciljem prikupljanja informacija radi poboljšanja metodologije i standarda rada; usklađivanje legislative u oblasti interne revizije i finansijskog upravljanja i kontrole sa direktivama i standardima Evropske unije; osiguranje implementacije Standarda za profesionalnu praksu interne revizije i Kodeksa profesionalne etike za interne revizore; koordinaciju rada jedinica za internu reviziju i internih revizora u javnom sektoru u Federaciji; praćenje sistema internih kontrola i jačanje interne kontrole kod korisnika javnih sredstava u Federaciji; uspostavljanje i održavanje registara iz oblasti interne revizije i finansijskog upravljanja i kontrole u javnom sektoru u Federaciji; saradnju sa Uredom za reviziju institucija u Federaciji BiH i drugim državnim i međunarodnim institucijama iz područja interne revizije i finansijskog upravljanja i kontrole; pripremanje mišljenja na pravilnike o unutrašnjoj organizaciji u dijelu koji se odnosi na internu reviziju; po potrebi, rješavanje neslaganja u mišljenjima između rukovodioca jedinice za internu reviziju/internog revizora i rukovodioca organizacije; izradu godišnjeg konsolidovanog izvještaja interne revizije u javnom sektoru u Federaciji; izradu godišnjeg konsolidovanog izvještaja o funkcioniranju sistema finansijskog upravljanja i kontrole u javnom sektoru u Federaciji; upravljanje aplikacijom za javne interne finansijske kontrole (u daljem tekstu: aplikacija PIFC); implementaciju projekata tehničke pomoći koji se finansiraju iz IPA sredstava i drugih projekata finansiranih od strane međunarodnih donatora; izradu izvještaja o izvršenju obaveza iz Evropskog partnerstva i drugih izvještaja i informacija iz nadležnosti sektora; učešće u radu odbora Delegacije Evropske unije vezano za PIFC i radu Koordinacionog odbora centralnih harmonizacijskih jedinica u Bosni i Hercegovini.