U Sektoru za trezor obavljaju se poslovi: pripreme prednacrta i nacrta zakona, podzakonskih akata i provedbenih propisa, uspostave djelotvornog sistema za izvršenje budžeta, računovodstva i upravljanje novčanim sredstvima, razvijanje i održavanje kontnog plana, održavanje standardne budžetske klasifikacije, koordiniranje računovodstvene metodologije sa kantonalnim trezorima, upravljanje bankovnim računima u okviru JRT, finansijsko planiranje i predviđanje novčanih tokova, upravljanje plaćanjima sa JRT za sve federalne budžetske korisnike, centralizirana isplata plaća i naknada, otvaranje namjenskih podračuna, unapređenje rada sistema za finansijsko upravljanje Federacije, povrata pogrešno ili više uplaćenih prihoda na JRT Budžeta Federacije, izvršenje sudskih odluka na teret Budžeta Federacije, pripreme odgovarajućih podataka, izvještaja i analiza o svim pitanjima iz nadležnosti sektora i obavljaju i drugi poslovi iz djelokruga Sektora.